Сразу скажу, статья не моя, но мне очень понравилась, и чтобы потом не искать решил запостить здесь. Благо автор на своём сайте не запрещает этого делать. За что ему огромное спасибище.
Вот оригинал: http://blog.peter.am/index.php/2010/11/30/setup-optimzations-mysql

В этой статье будут описаны различные настройки MySQL, преимущественно те, которые влияют на производительность. Для удобства все переменные разделены по разделам (базовые настройки, ограничения, настройки потоки, кэширование запросов, тайминги, буферы, InnoDB). Сначала уточним имена некоторых переменных, которые изменились в версии 4 MySQL, а в сети продолжают встречаться и старые и новые варианты имен, что вызывает вопросы.