Собственно особых проблем с передачей параметров приложению при старте делается это в C# довольно просто, вот так:

static void Main( string[] args)
        {
            if (args.Length == 0)
            { MessageBox.Show("Нет параметров"); }
            else
            { MessageBox.Show("1"); }

            
            Application.EnableVisualStyles();
            Application.SetCompatibleTextRenderingDefault(false);
            Application.Run(new FormMain());

        }

Проблема одна лишь в том, что в С# в рамках проекта может быть не один такой Main и чтобы было ясно какому из них должны быть переданы параметры, необходимо указать объект в: Project > Properties > Application > Startup Object.

Вот и всё!